在《神秘海域》创意总监与编剧艾米·汉尼恩（Amy Hennig）离开了Naughty Dog工作室之后，《神秘海域4》的开发被推迟了8个月。根据内森·德雷克的配音演员Nolan North的说法来看，项目组不得不抛弃Amy Hennig做过的东西然后重新来过。

　　在最近MetroCon上的一个问答环节中，North说到：“我们曾经用了8个月时间来拍摄她写的故事，然后这些内容最后都被抛弃了。然后《最后生还者》的成员进来了，你需要搞明白新的制作人、新的团队成员以及他们想要做什么。事实上我都不知道发生了什么。”

　　“Amy仍然是我的好朋友，她非常出色。而《最后生还者》团队接管了这个项目之后却希望游戏能符合他们自己的口味，于是他们免除了一些原先项目组里的人然后重做了这些人的工作。”

　　North还补充提到游戏的新剧本和Amy所写的有着不同的基调，但仍然是一个真实的《神秘海域》系列故事。

　　Amy Hennig曾于2014年初离开了她效力过10年的顽皮狗工作室，官方声明并没有透露她离职的原因，但有传言说她是被《最后生还者》创意总监Neil Druckmann和Bruce Straley“逼迫”离职的，然后这二人接替了她的创意总监职位。